Я гражданин Казахстана, работаю в Польше, фирма имеет свой филиал в России, Калининград. Необходимо ли мне иметь разрешение на работу в Российском филиале нашей фирмы, на должность генерального Директора

Нужно чтобы у этого человека было разрешение на работу.

Я - гражданка Белоруссии, устроилась на работу в Москве. Здесь возникают проблемы при высчитывании из з/п налога в пенсионный фонд. Как правильно должны быть сделаны отчисления в пенсионный фонд?

Если вы гражданин РФ, то не проблема. Если вы иностранец, то на срок действия трудового договора, но не более срока действия разрешения на работу.