регистрация

Если на 91 день человек выезжает из РФ и на миграционной карте нет печати с регистрацией, является ли это правонарушением?

могут придраться

Даже если она есть, то является. Регистрация никак не связана с правом пребывания в РФ. Иностранные граждане обязаны выехать по истечении срока пребывания, т.е. 90 дней для безвизовых, если срок пребывания не был продлен решением органов внутренних дел.