Разрешение на временное проживание

Я гражданин Российской Федерации, ребенок тоже, имеем прописку в РФ. Жена - гражданка Эстонии, в данный момент находится по коммерческой визе на территории РФ. Срок регистрации граждан Эстонии не более 90 дней в каждом полугодии. За это время мы успели сдать все документы для получения разрешения на временное проживание. Сначала нам говорили, что если успеем подать, то нам продлят регистрацию, теперь говорят, что придется выезжать до принятия решения, что нет основания продлить регистраию. Как можно поступить а этой ситуации? Ведь и я и ребенок останемся здесь.