работник из украины

Вопрос миграции и как с ним заключить трудовой договор, на сколько я понимаю разрешение на работу дает право работать только в указанном субъекте РФ, а в нашем случае мы будем оформлять его в московское представительство, но работать он будет в Киеве, скорее всего дома (т.е. без офиса).

Вам ничего оформлять не надо.