перевод

есть ли варианты обоснования начисления з/п в организации где фактически работает иностранец если разрешение на работу полученно другой организацией

Нет, если начисление произведется, то организация себя засветит как нелегально привлекающая иностранную рабочую силу, а отсюда попадат под штрафные санкции.